【1級FP監修】不動産売却の税金｜譲渡所得の計算・税率・3,000万円控除

不動産（土地・建物）を売ると、利益部分に譲渡所得として所得税・住民税が課されます。

譲渡所得は給与等に掛る給与所得、年金等に掛る雑所得などと合算する総合課税の譲渡所得と分離して計算する分離課税の区分がありますが、土地・建物や株式等を売却した場合の譲渡所得は分離課税になります。

普段の生活では馴染みのない不動産の譲渡所得ですが、マイホームの住み替えや実家の売却、相続した不動産を売却するケースで発生します。

意外と身近に発生する譲渡所得に係る税金や特別控除を解説します。

【結論】譲渡所得の計算方法や特別控除を把握して、焦らず・賢く不動産を売却しましょう。

譲渡所得の計算式

基本となる計算式は次のとおりです。

譲渡所得金額 ＝ 譲渡価額 −（取得費＋譲渡費用）

課税譲渡所得金額 ＝ 譲渡所得金額 − 適用できる特別控除額

• 取得費：購入代金、仲介手数料、登記費用、登録免許税、不動産取得税、増改築等の資本的支出や所有権などを確保するために要した訴訟費用も含まれます。建物は減価償却を差し引いた金額になります。取得費が不明な場合は、概算取得費（譲渡価額の5％）を取得費とすることができます。
  概算取得費が判明している実際の取得費より多い時も概算取得費を選択できます。
  土地・建物の取得費を土地は実際の取得費、建物は概算取得費などと分けて選択することも可能です。
  また、相続や贈与で取得した不動産は取得費を引き継ぎます。※限定承認に係る相続・包括遺贈などは取扱いが異なりま
  ※ただし、事業所得などの必要経費に算入された費用は、取得費に重ねて含められません。業務用資産の登録免許税・不動産取得税なども取扱いが異なります。また、遺産分割のために支払った訴訟費用は、取得費には含まれません。
• 譲渡費用：売却時の仲介手数料、測量費・解体費（用途・要件による）、立退料、契約書の印紙税、借地権を売るときに地主の承諾をもらうために支払った名義書換料などです。

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分離課税の税率は所有期間で区分（短期／長期）

判定は譲渡年の1月1日現在の所有期間で行います。

原則の税率は次のとおりです。

5年以下（短期譲渡所得）：所得税等 30.63％＋住民税 9％ ＝ 合計39.63％

5年超（長期譲渡所得）：所得税等 15.315％＋住民税 5％ ＝ 合計20.315％

相続や贈与で取得した場合は、原則被相続人等の取得日を引き継ぎます。

ポイント：所有期間と居住用特例の有無で税額が大きく変わる。売る前に要件を必ず確認しましょう。

不動産売却で使える主な特別控除・特例

居住用財産の3,000万円特別控除

自宅（居住の用に供していた家屋と敷地）を売ったとき、一定要件を満たせば最大3,000万円を譲渡所得から控除できます。
居住用財産の所有期間はこの特例の要件ではありません。ただし、3年に1度しか適用できません。また、親子など特別の関係がある相手への売却、配偶者への譲渡や特殊な関係にある法人などは対象外です。住まなくなってから売る場合は期限要件3年経過後の年末12月31日まで譲渡する必要があります。

住み替えでは、新居の住宅ローン控除との併用制限に注意が必要です。原則として、新居への入居年、その前年・前々年、または入居年の翌年から3年目までに、旧居の売却で3,000万円特別控除や10年超所有の軽減税率を利用すると、新居の住宅ローン控除は利用できません。売却時の税負担だけでなく、住宅ローン控除への影響も比較しましょう。

10年超所有の軽減税率（居住用）

譲渡した年の1月1日において10年超所有し売却した居住用財産である土地・建物の譲渡した場合、3,000万円控除後の課税長期譲渡所得のうち6,000万円以下の部分に所得税等10.21％＋住民税4％＝合計14.21％が適用されます。6,000万円超部分は通常の長期譲渡所得の税率（20.315％）です。
上記の居住用財産の3,000万円特別控除と重複適用できますが、下記の空き家に係る3,000万円特別控除には重複適用できません。

空き家に係る3,000万円特別控除

相続した一定の空き家やその敷地を売却した場合、要件を満たせば譲渡所得から最高3,000万円を控除できます。ただし、対象の家屋・敷地等を相続・遺贈で取得した相続人が3人以上の場合は、各人の控除上限は2,000万円です。

1981年5月31日以前に建築された区分所有建物ではない家屋であること、原則として相続直前に被相続人以外の居住者がいなかったこと、売却代金が1億円以下であることなどが条件です。売却期限は、相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日まで、かつ2027年12月31日までです。

2024年以後の売却では、売却後、売却年の翌年2月15日までに一定の耐震基準を満たすか、家屋の全部を取り壊す方法も対象となります。

相続後の利用状況、他の相続人による売却分を含む売却代金の判定など、その他の条件もあります。市区町村の確認書など必要書類を準備し、確定申告を行ってください。

公共事業の収用等の5,000万円特別控除

土地収用法などにより収用権が認められる公共事業のために土地・建物を売却した場合、一定の要件を満たせば、譲渡所得から最高5,000万円を控除できます。最初に買取り等の申出があった日から6か月を経過した日までの売却などが条件です。公共事業の施行者が交付する証明書等を添えて確定申告する必要があります。

譲渡損失の通算・繰越

不動産の売却損は、原則として給与所得などと損益通算できません。ただし、売却年の1月1日時点で所有期間が5年を超えるマイホームについては、一定の要件を満たすと損益通算と翌年以後3年間の繰越控除が認められます。現在の適用期限は2027年12月31日です。

主な制度は、住宅ローンを利用して新居へ買い換える場合の特例と、売却するマイホームに住宅ローンが残り、売却額がローン残高を下回る場合の特例です。後者は、新居を購入しない場合でも対象となります。制度ごとに要件や控除限度額、申告手続が異なるため、事前に確認してください。

不動産譲渡のよくある落とし穴、失敗の実例

減価償却の失念：建物の取得費は償却後で計算しましょう。結果として課税所得が増えることがあります。

概算取得費の乱用：概算取得費は5％です。当時の売買契約書、領収書など実額の証憑が揃えば、税負担が減ります。

確定申告：不動産の売却で課税譲渡所得が生じた場合は、原則として翌年の確定申告が必要です。3,000万円特別控除などを適用して税額がゼロになる場合や、譲渡損失の損益通算・繰越控除を利用する場合も、確定申告が必要です。

親族・同族会社への低額譲渡：個人へ著しく低い価額で売却した場合は、買主に贈与税が課される場合があります。また、個人が法人へ時価の2分の1未満の価額で売却した場合は、売主の譲渡所得を時価で計算します。売却先に応じて取扱いが異なるため、適正な時価と取引条件を事前に確認しましょう。

居住実態の証明不足：住民票異動だけでなく、郵便物・公共料金の宛先、通学区・ETC利用など実態資料を揃えましょう。

消費税の取り扱い：土地には消費税が課税されません。建物については、売り主の属性により消費税が発生する場合があります。

期限ミス：相続空き家・収用等は期限があります。事前の情報収集と売却時期の設計が重要です。

賢く不動産の譲渡を行う

不動産譲渡の税務は、所有期間の判定、取得費と譲渡費用の精査、特別控除の適用設計が三本柱になります。

売却前に条件を洗い出し、手取り最大化と納税額の間違いなど申告リスク低減を両立させましょう。

売却前に最新の公的資料を確認し、個別の税額計算や特例の適用判断・申告については、税務署または税理士へ確認しましょう。FPは、売却前後の資金計画やライフプランの整理を支援します。

ＰｒｉｖａｔｅＦｐ合同会社は数多くのファイナンシャル・プランニングの経験から、あなたに合った上手な不動産運用設計、売却後の資産運用設計を支援します。
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Q＆A　よくある質問

税制・法律・制度の取扱いについての記述は、発信時の関係法令等に基づき記載したものです。今後、変更の場合もあります。

一次情報｜参考資料

公式サイト 国税庁ホームページ No.3202　譲渡所得の計算にしかた（分離課税）

公式サイト 国税庁ホームページ　No.3302　マイホームを売った時の特例

【関連記事】空き家に係る譲渡所得の特例の改正（見直し・延長）税金対策

参考資料・リンク確認日：2026年11月1日。

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