【1級FP監修】年末調整の控除漏れはどうする?所得税の還付申告と期限

確定申告・年末調整イメージ

確定申告期間は、2月15日から3月15日の間になります。マイナンバーカードの普及により、確定申告もマイナンバーカードと対応のスマートフォンがあればいつでもどこでもe-Taxで申告が可能です。

大半の会社員さんは、年末調整で所得税の調整が全て終わります。一方で住民税は今年の6月に前年度の所得に対して課税されます。

年末調整で生命保険料控除やiDeCoの掛金の申告を忘れたときや、年の途中で退職して年末調整を受けていないときは、払い過ぎた所得税が戻る場合があります。医療費控除や住宅ローン控除の初年度など、確定申告で手続きする控除もあります。

確定申告期間が過ぎても、期限後申告、還付申告などありますのでぜひチェックしてみてください。

  • 確定申告の義務がなく、所得税を納め過ぎていた方は、還付申告ができます。提出できる期間は、対象年の翌年1月1日から原則5年間です。たとえば2025年分は、原則として2030年12月31日まで提出できます。
  • 確定申告が必要で、提出期限を過ぎた方は、気付いた時点でできるだけ早く期限後申告をしてください。納付する税額などに応じて、無申告加算税や延滞税がかかる場合があります。
  • すでに確定申告書を提出し、控除漏れで納める税額が多かった方や、還付額が少なかった方は、更正の請求を確認してください。

【関連記事】2026年の年末調整の書き方|必要書類と控除の確認ポイント

【結論】所得税が戻ってくるケースを理解、確定申告を行うと所得税の負担軽減になる。

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確定申告すると所得税が還付される方

〇医療費や薬局のお薬(OTC)を購入費がかかった方

対象年の1月から12月に支払った対象医療費から、保険金などで補てんされた額を差し引き、原則10万円を超える部分が控除対象です。総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円に代えて総所得金額等の5%を差し引きます。
また、併用はできませんが、セルフメディケーション税制という制度あります。

セルフメディケーション税制は、健康診断や予防接種を受けている方が薬局などで購入したスイッチOTC医薬品が金額が12,000円を超えた部分について所得控除ができます。(限度は88,000円)

〇寄付、ふるさと納税した方

国や地方公共団体、特定の法人などに寄附をした場合は、確定申告を行うことで、所得税が還付される場合があります。また、ふるさと納税を利用した場合も所得から控除ができます。

ふるさと納税では、確定申告が不要な方が寄付先5カ所以下の場合は、ワンストップ特例制度で確定申告を行わなくれも控除が受けられる制度があります。

〇生命保険料や地震保険料、iDeCoを少なく申告した方

生命保険料控除、地震保険料控除、小規模企業共済等掛金控除などを年末調整で誤って申告する方が多いです。
生命保険料控除などは組み合わせ方によって増える場合もあります。また、iDeCoを利用すると小規模企業共済等掛金控除が利用できますが、iDeCoと名前が違うため申告を忘れてしまう方も多いです。
年末調整で少なく申告した場合は確定申告をしましょう。

〇人的控除の変化による申告漏れの方

基礎控除、障害者控除、寡婦控除、ひとり親控除、勤労学生控除、配偶者控除、配偶者特別控除、老人配偶者控除、扶養控除は、本人や配偶者の所得や年齢(12月31日時点)によって変わってきます。
年末調整で少なく申告した場合は確定申告をしましょう。

【関連記事】所得税と住民税の所得控除の種類と条件を理解して節税

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〇災害や盗難に被害に遭った方

災害または盗難・横領、害虫による異常な災害によって一定の資産に損害を受けた場合に一定の金額の所得控除ができます。
雑損控除といいますが、年末調整では適用できないので確定申告が必要になります。ただし、詐欺や恐喝は雑損控除が適用されません。

〇マイホーム購入、リフォームされた方

マイホームをローンで購入・増改築した場合は住宅ローン控除が対象になります。また、ローンを利用しなくても、長期優良や低炭素、省エネなどに該当した購入・リフォームの場合は、投資型税額控除も利用できますので、該当する方は確定申告をしましょう。

〇証券口座を複数保有している方

複数金融機関の特定口座を保有し、確定申告を不要としている場合は、各口座の損益通算ができません。損失が生じている特定口座がある場合には、確定申告をすることにより、譲渡所得、配当所得の損益通算ができ、源泉徴収されていた所得税・住民税の還付を受けることができます。

「還付申告」「更正の請求」

還付申告:翌年1/1から5年間提出可能です。(還付のときは加算税・延滞税は原則発生なし)

更正の請求:法定申告期限から5年以内です。申告義務がなく、すでに還付申告書を提出した方は、原則としてその提出日から5年以内です。

仕組みを理解して賢く確定申告

普段、年末調整で済んでいる方にとって確定申告は、本当に面倒に感じると思います。

大変ですが、頑張って確定申告をすることによって、所得税の還付だけではなく、住民税の負担も軽減します。また、住民税は児童扶養手当、行政による支援金を給付する際の算定基準になりますのでメリットは大きいです。

確定申告期間が過ぎても、期限後申告、還付申告などありますのでぜひチェックしてみてください。

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佐久眞 盛春の顔写真
執筆・監修: 佐久眞 盛春 (CFP®/1級FP技能士)
Private Fp 合同会社 代表社員。NISA・iDeCoなどの資産運用、生命保険見直し、家計改善、ローン相談のFP実務支援、キャリアコンサルティングが専門。 プロフィール / CFP®情報

作成方法:一次情報(法令・公的統計)を確認のうえ執筆。生成AIは草案作成・表現整理に限定し、最終チェックは人手で実施。内容は執筆時点の情報であり、投資勧誘・個別推奨ではありません。

Q&A よくある質問

還付ならペナルティは?

原則なし。還付申告は5年以内に行いましょう。

不動産を売却しましたが、確定申告必要ですか?

一般的には譲渡所得として、確定申告が必要になります。最寄りの税務署に相談しましょう。

税制・法律・制度の取扱いについての記述は、発信時の関係法令等に基づき記載したものです。今後、変更の場合もあります。

一次情報|参考資料

公式サイト 国税庁ホームページ 確定申告特集

公式サイト 厚生労働省ホームページ セルフメディケーション税制

参考資料・リンク確認日:2026年11月1日。

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